JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH, PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA,
KATEDRA BIOLOGIE EKOSYSTÉMŮ

Oponentský posudek na bakalářskou práci

Název práce: 	Monitoring neurotoxinu β-N-methylamino-L-alaninu v povrchových vodách
Autor: 	             Jan Pixa	
Oponent: 			doc. RNDr. Petr Znachor, PhD.

 
FORMA PRÁCE: 
() rešeršní (R)
() experimentální (E)  hodnocení kvality literárního přehledu by mělo tvořit základ hodnocení (75% )
(x) projekt (P)

HODNOCENÍ PRÁCE – OBSAHOVÁ STRÁNKA
název (R;E;P)
(x) dobře vystihuje obsah práce, je věcný a stručný
( ) vystihuje obsah práce, avšak ne zcela jednoznačně, věcně a stručně 
( ) nevystihuje obsah práce 
 cíle a hypotézy (R;E;P) 
(x) jasně formulované 
() nejasně formulované 
( ) chybí 
úvod a literární přehled (R;E;P)
(x) jasný a přehledný, vztahuje se k zadané problematice a obsahuje dostatečné množství informací,     které shrnuje na přiměřené úrovni poznání v dané oblasti; kriticky hodnotí použité informace 
( ) nepřehledný – nelogicky členěný, bez kritické analýzy, avšak s dostatečným množstvím informací 
( ) příliš stručný (s nedostatečným množstvím podkladů) nebo nevýstižný a ke zpracovávané problematice se vztahuje pouze částečně 
 použité informační zdroje založené zejména na (R;E;P)
(x) původní zahraniční a domácí literatura
( ) učebnice, slovníky a monografie
( ) „šedá literatura“
použitá literatura (R;E;P)
(x) v odpovídajícím rozsahu 
( ) v nedostatečném rozsahu 
materiál a metody (E)
() jasné, přehledné a srozumitelné, nechybí nic podstatného, množství materiálu (pozorování, opakování v prostoru a čase) a použité metody jsou takové, že pomohou splnit vytčené cíle 
( ) jasné a srozumitelné, nechybí nic podstatného, ale množství materiálu je nedostačující 
() nesrozumitelné (není možno posoudit adekvátnost použitých metod a materiálu) nebo nedostatečně popsané ( ) nevhodně zvolené metody, nemohou dát odpověď na vytýčené cíle 
 výsledky (E) – bez hodnocení, viz. doplňující komentář na konci formuláře 
( ) vhodně prezentované, odpovídají použité metodice, k vyhodnocení použity vhodné statistické metody, 
( ) zbytečně se opakující výsledky (např. dvojí prezentace v tabulkách i grafech), k vyhodnocení použity vhodné statistické metody 
( ) k vyhodnocení nebyly použity vhodné statistické metody 
( ) prezentace nedostatečná 
interpretace dat (diskuse) (E) 
( ) odpovídající, autor prokázal dobrou znalost studované problematiky, vhodně cituje dostatečné množství literárních zdrojů 
() diskuse dat je nedostatečná (diskuse neodpovídá úrovni a rozsahu uvedených dat) 
( ) daty nepodložená, svým rozsahem neodpovídá zpracovaným datům a údajům, spekulace převládají nad fakty 
návrh experimentu (P)
(x) jasný a přehledný, realizovatelný
( ) jasný a přehledný, obtížně realizovatelný
( ) nesrozumitelný, nerealizovatelný
shrnutí projektu (P)
(x) dostatečné, srozumitelné a výstižné
( ) nedostatečné
aplikace do praxe (P)
(x) je uvedena
( ) není uvedena
závěry (R;E;P)
(x) práce má jasné a jednoznačné závěry, které jsou podloženy a odpovídají na cíle a hypotézy práce 
() závěry jsou sice přesné a podložené, ale úplně neodpovídají cílům práce, nebo některé cíle a hypotézy nejsou zmíněny 
( ) závěry nejsou podložené či nevycházejí z předkládané práce 

HODNOCENÍ PRÁCE - FORMÁLNÍ STRÁNKA (R;E;P)
obrázky a tabulky 
(x) přehledné a obsahují dostatečné množství informací 
( ) nepřehledné, ale obsahují dostatečné množství informací 
( ) nejsou součástí textu
( ) nevyhovující 
text 
( ) formálně dokonalý 
(x) bez větších formálních nedostatků 
( ) po formální stránce nevyhovující (nemá doporučené členění) 
jazyk 
(x) odpovídá gramatické správnosti, možnostem a zvyklostem používání v odborném textu 
() částečně odpovídá gramatické správnosti, možnostem a zvyklostem používání v odborném textu 
( ) neodpovídá gramatické správnosti, možnostem a zvyklostem používání v odborném textu 

literatura 
(x) citována bez chyb, jednotně, citace použité v textu odpovídají seznamu literatury  a způsob citací odpovídá mezinárodním nebo českým normám (méně než 5 chyb na práci) 
() citována s chybami, nejednotně, citace v textu neodpovídají seznamu literatury (chybějící nebo přebývající citace) 

V případě potřeby přiložte doplňující komentář. Slovní hodnocení je povinné v případě, že se oponent obhajoby osobně nezúčastní.
Doplňující komentář přiložen  ANO (x) NE ( ) 

Práce splňuje požadavky kladené na bakalářské práce předkládané na PřF JU, a proto ji doporučuji k obhajobě. 

Práci hodnotím klasifikačním stupněm výborně2 

Datum:					 Podpis oponenta: 

Doplňující komentář:

Bakalářská práce Jana Pixy s názvem „Monitoring neurotoxinu β-N-methylamino-L-alaninu v povrchových vodách“ je druhou prací na toto téma, s jejíž obsahem jsem měl možnost se seznámit. V roli školitele jsem figuroval u práce Kosové 2016 „Výskyt BMAA ve stojatých vodách“, tudíž se nabízí jejich přímé srovnání, tentokrát však v roli oponenta. I když i zde je patrná určitá formulační neobratnost, srovnání se zmíněnou prací vyznívá výrazně ve prospěch J. Pixy. I když mám k předkládané práci celou řadu připomínek a dotazů, nesnižuje to zásadně její kvalitu, ale jde spíše o vyjádření mého zájmu o danou problematiku. Závěrem bych rád vyzdvihl vysokou úroveň práce s literaturou, která je opravdu aktuální a mnohé z uvedených odkazů oponent běžně používá v práci. Práci jednoznačně doporučuji k obhajobě.

Konkrétní dotazy a připomínky:

1.	„Vzhledem k obohacování povrchových vod živinami a příznivým teplotním podmínkám
zapříčiněným globálním oteplováním, dochází v posledních desetiletích k častějším výskytům
sinicových květů. Následně to může vést k vyššímu výskytu látek, které jsou produkovány
sinicemi a tedy i neurotoxinu BMAA v povrchových vodách a většímu riziku ohrožení
vodních organismů a veřejného zdraví (Paerl a Paul 2012; Brookes a Carey 2011; Elliott 2012;
Schindler et al. 2008).“ Již první věta by měla být doplněna některým z odkazů uvedených na konci odstavce
2.	Příklady formulační neobratnosti autora mohou být demonstrovány na následujících příkladech - „Sinice (cyanobacteria, angl. blue-green algae) jsou starodávné mikroorganismy“ – hovořit o sinicích jako o starodávných organismech zní hodně divně. „V podmínkách nadměrného výskytu bohatých zdrojů živin mají sinice schopnost ukládat základní živiny“ – ačkoli je pro zasvěceného čtenáře smysl zřejmý, oponent se podivuje nad formulací „nadměrný výskyt bohatých zdrojů živin“ s přílišným počtem adjektiv – správně má být jednoduše „nadměrného množství živin“
„Ve vodním prostředí se sinice mohou vyskytovat suspendované v rozptýlené formě nebo jako
agregáty ve vodě, na vodní hladině, v sedimentech na dně nebo ulpívající na horninách“ – co si má oponent představit pod pojmem „sinice uplívajících na horninách“?
3.	Vysvětlení samotného pojmu vodní květ se nachází až na straně 7, v samostatném ostavci nazvaném 2.2.3 Definice vodního květu. Bohužel tento termín není definován úplně správně. Pro zajímavost, tento odstavec je doslovným překladem odstavce „2.3.1 How Is a Bloom Defined?“ z Meriluoto et al. 2017 s vloženou větou vyjmenovávající jednotlivé taxony sinic tvořící vodní květ. Protože zdoj je uveden, z formálního hlediska je asi vše v pořádku, i když by bylo v tomto případě možná vhodnější, aby text byl jako doslovná citace v uvozovkách. Použitá definice je však ovlivněna celkovým kontextem knihy „Handbook of Cyanobacterial Monitoring and Cyanotoxin Analysis“ Jaká je však obsahově správnější, ekologický univerzálnější a praktičtějsí definice pojmu „vodní květ“?
4.	K radosti oponenta se v práci vyskytlo i pár překlepů, na které může poukázat – „Vysýchání, saxitocin, K analýza“
5.	„Toto obohacení vodních zdrojů živinami je zapříčiněno ve velké míře, zatížením zdroji z domácností, dále pak ze zemědělských, rybářských a průmyslových zdrojů, zvýšenou erozí v povodí vodních ploch a zvýšenými odběry vody“. Oponent se vážně snažil představit si, jak zvýšený odběr vody např. z vodárenské nádrže přispěje k obohacení živinami, ale nic moc ho nenapadá, a proto prosí o vysvětlení 😊.
6.	„Masivní nárůst květů sinic je do značné míry ovlivněn a podpořen příznivými teplotními podmínkami, pronikáním světla do vodního sloupce, příznivým pH vody, dobou zdržení vody v jezeře nebo průtokem vody korytem řeky (Giani et al. 2020; Huisman et al. 2018; Lampert a Sommer 2007; Schindler et al. 2008; Schindler 2006).“ Jaké je příznivé pH pro nárůst vodních květů sinic? Jaká je příčinná souvislost mezi sinicemi a pH?
7.	„Pro diazotrofické sinice je důležité, aby byl proces fixace dusíku oddělen od produkce fotosyntetického kyslíku za účelem zabránění ireverzibilní inaktivace enzymového komplexu fixace dusíku kyslíkem. K prostorovému oddělení mají sinice specializované buňky, tzv. Heterocyty“. Existují i jiné způsoby, jak sinice mohou fixovat N2?
8.	Prosil bych vysvětlit význam následujícího souvětí. „Obecně je účinnější pro ovlivnění rozvoje vodního květu snižování vstupů fosforu než snižování vstupů dusíku, proto dusíkatá hnojiva předčila používání fosforečných hnojiv.“ Oponent nechápe zejména jeho druhou část.
9.	Platí ve skutečnosti následující tvrzení? Pokud ano, za jakých podmínek? „Rostoucí koncentrace atmosférického oxidu uhličitého (CO2) zvyšuje koncentraci CO2 v povrchových vodách pokrytých květy sinic, což zintenzivní vývoj sinicových květů.“
10.	Za jakých podmínek platí následující tvrzení? „Zejména vyčerpání kyslíku mikrobiální degradací sinicového květu může vyvolat hypoxii a anoxii v hypolimnionu a způsobit smrt ryb a bentických bezobratlých (Huisman et al. 2018; Lampert a Sommer 2007).“
11.	Technická poznámka – pojem „amonium“ by měl být správně v českém hydrobiologickém textu nahrazen nejspíše pojmem „amonné ionty“
12.	„Dále při anoxických podmínkách v sedimentech dochází k uvolňování vázaného fosforu, což může podpořit přirozenou eutrofizaci (Lampert a Sommer 2007; Schindler et al. 2008).“ Jak se tento proces nazývá?
13.	„Sinice produkují chuťové a pachové sloučeniny“ - správně má být látky ovlivňující organoleptické vlastnosti vody
14.	„Monitoring cyanotoxinů je zásadní pro informování vodohospodářů o provozní efektivnosti jejich čistíren v období vývoje a perzistence sinic“. Skutečně má autor na mysli čistírny?
15.	„BMAA je neproteinogenní aminokyselina (to znamená, že není od přírody zakódována ani nalezena v žádném genetickém kódu organismů).“ - tento dotaz je čistě ze zvědavosti. Odkud tedy BMAA pochází? Znamená to, že v metabolismu producentů vzniká z nějakého prekurzoru, jehož syntéza kódována je?

A nyní pár dotazů týkajících se vlastního projektu:
1.	V úvodu je definován jeden z cílů následovně: „Chceme ověřit a doložit předpoklad, že neurotoxin BMAA se vyskytuje v sinicích a rovněž v eutrofních vodách s dominancí sinic.“ V projektu se ovšem uvádí: „Cílem dále navrhovaného projektu je zejména monitoring rozpuštěného neurotoxinu BMAA, stanovení vnějších faktorů rozvoje sinic a jednotlivých druhů sinic v povrchových vodách.“ 
Čili čistě metodicky, pokud budu detekovat rozpuštěný BMAA, jak mohu jeho výskyt v případě diverzifikovaného společenstva fytoplanktonu vztáhnout jen k výskytu sinic? Zřejmě se předpokládá, že bude zjištěna pozitivní korelace mezi množstvím sinic ve vodě a rozpuštěným BMAA. Ok, ale jsou nějaké náznaky, že BMAA je aktivně vylučován do prostředí, nebo podobně jako jiné cyanotoxiny se vyskytuje převážně uvnitř buněk? Tyto mé dotazy směřují k tomu, že kromě rozpuštěného BMAA by bylo vhodné stanovit i celkový BMAA.
2.	„Den odběru vzorků vody bude vybrán tak, aby bylo jasné a slunečné počasí.“ Proč? Opravdu by mne zajímal důvod 😊.
3.	„Při odběru vzorků bude dále zaznamenána teplota vodního sloupce, průhlednost a aktuální
stav počasí. Stanovení těchto základních parametrů prostředí ve spolupráci s  Vodohospodářskou laboratoří státního podniku Povodí Vltavy je zásadní ohledně výskytu vodního květu a přispěje k lepšímu porozumění výskytu neurotoxinu BMAA.“ Jak si autor představuje, že by to mohlo fungovat aby toto tvrzení bylo pravdivé?
4.	Z návrhu je patrná velká provázanost s běžnou vodohospodářskou praxí v podobě spolupráce s podnikem Povodí Vltavy. Z tohoto důvodu bych popis jednotlivých laboratorních stanovení na stránkách 31 a 32 zkrátil na pouhý odkaz na rutinní metodické postupy daného pracoviště.
5.	Protože oponentovi jsou známy problémy některých vodohospodářských laboratoří se stanovením fosforečnanového fosforu, zahímá ho, jaký má konkrétní laboratoř detekční limit?
6.	Ke stanovení koncentrace rozpuštěného BMAA ve vzorcích povrchových vod bude použita validovaná metoda kapalinové chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) (Hořejší 2016). Má autor nebo jeho školitelka představu, jaké mohou být koncentrace BMAA v našich povrchových vodách? Hořejší 2016 při validaci metodiky stanovení použil několik kultur a také vodu z rybníka Svět (bez udání bližších informací) aniž by dokázal BMAA ve vzorcích detekovat. Proč se autor domnívá, že bude úspěšnější, zejména uvážíme-li, že měřena má být pouze rozpuštěná forma BMAA? Existuje možnost zakoncentrování BMAA na koloně pro zvýšení meze detekce?
7.	Ke stanovení BMAA lze použít ELISA kit, viz. např. Luglie et al. Microorganisms 2017, 5, 72; doi:10.3390/microorganisms5040072. Autor tuto metodu nezmiňuje v kapitole 2.3.5 Metody stanovení. Proč? Jsou nějaké konkrétní zkušenosti s jejím použitím v našich podmínkách, které vedly k jejímu ignorování? 
8.	V projektu chybí návrh alespoň teoretického způsobu testování, jak naměřené parametry mohou ovlivňovat koncentrace BMAA – např. jaké statistické metody budou použity. Jak tedy „Projekt umožní posouzení souvislostí mezi vnějšími podmínkami, výskytem různých druhů sinic a výskytem neurotoxinu BMAA v povrchových vodách ve vybraných lokalitách.“?