Molekulární simulace proteinů - Suchý, Matyáš (Jihočeská univerzita, 2023)
Tato bakalářská práce se věnuje počítačovým simulacím protenů, které jsou zde představeny a popsány tak, aby text mohl sloužit jako prvotní seznámení s tímto tématem studentům nefyzikálních, biologických oborů. Práce tak reaguje na současný stav, kdy je převážná většina dostupných učebnic, návodů, programových manuálů, i vědeckých souhrnů psána z fyzikálního nebo v některých případech chemického pohledu, což odrazuje studenty biologických oborů svým technickým stylem. Zde klademe důraz na praktické otázky při provádění základních simulací proteinů a koncipujeme text jako úvod to těchto výzkumných metod. V práci jsou popsány proteinové databáze, vizualizační techniky, molekulárně-mechanický popis, molekulárně-dynamické simulace, a některé základní analýzy. Tyto metody jsou demonstrovány na malém globulárním proteinu, aktinu, a praktické ukázky jsou dělány nejčastěji používanými vizualizačními nástroji a simulačními programy.
Molecular simulations of proteins
Keywords: proteiny; počítačové simulace; počítačová grafika; vizualizace; molekulární dynamika; silové pole; strukturní analýzy; proteins; computer simulations; computer graphics; visualization; molecular dynamics; force field; structure analyses