Detekce bakterií rodu Xanthomonas patogenních pro rajče a papriku metodou loop-mediated isothermal amplification - Voráčková, Lucie (Jihočeská univerzita, 2018)
Předmětem této diplomové práce je návrh specifických LAMP primerů a následná LAMP analýza a její optimalizace, s cílem specificky detekovat Xanthomonas gardneri a odlišit je tak od ostatních patogenních xanthomonád a dalších bakterií patogenních pro rajče a papriku. Byly navrženy 2 sady LAMP primerů ze sekvencí DNA genů hrpB a atpD. Tyto sady LAMP primerů jsou vysoce citlivé a jsou schopné detekovat 0,01 ?l/mg DNA. Teplota LAMP reakce byla optimalizována na 64 °C, při které byla specifita reakce nejvyšší. Pomocí metody LAMP lze detekovat přítomnost patogenů v rostlinných pletivech. Hlavní výhodou této metody je časová nenáročnost analýzy oproti např. klasické PCR, proto má LAMP velký potenciál využití při detekci a identifikaci xanthomonád patogenních pro papriku a rajče.
Detection of Xanthomonas genus bacteria pathogenic for tomato and pepper by loop-mediated isothermal amplification
Keywords: bakterie; detekce; LAMP; primer; Xanthomonas gardneri; bacteria; detection; LAMP; primer; Xanthomonas gardneri