Barcoding českých denních motýlů - Škopek, Patrik (Jihočeská univerzita, 2020)
Cílem této práce bylo vyizolovat DNA denních motýlů z území ČR a osekvenovat u všech mitochondriální gen cytochrom c oxidázu podjednotku 1 (tzv. barcode), abych zjistil jejich genetickou příbuznost, vnitrodruhové vztahy a geografické odlišnosti. Druhým úkolem bylo porovnat získané sekvence DNA s ostatními státy Evropy. Vyizoloval jsem DNA z noh motýlů, naklonoval vybraný úsek DNA pomocí PCR (polymerázové řetězové reakce) a ověřil kvalitu PCR produktů pomocí elektroforézy. Produkty PCR byly osekvenovány. Celkově bylo v této práci použito 500 sekvencí z 87 druhů (61,7 % fauny). Z těchto sekvencí byl sestaven fylogenetický strom metodami maximální věrohodnosti a Baysovské inference. Za účelem nalezení potencionální kryptické biodiverzity a odlišných linií byly pomocí analýzy GMYC všechny druhy rozděleny do čtyř skupin: 71 druhů (81,6 %) patřící do jedné entity, 4 druhy (4,6 %) sloučené do dvou entit, 10 druhů (11,5 %) rozděleno na více entit (potencionální kryptická diverzita) a 2 druhy (2,3 %) rozdělené a sloučené s jiným druhem. K českým vzorkům 33 druhů z čeledi Lycaenidae byly přidány vzorky pocházející s Rumunska a Německa a jejich příbuznost byla porovnána na základě fylogenetického stromu. Pro 10 druhů (30,3 %) chyběla data pro jednu ze srovnávacích zemí, 19 druhů (57,7 %) bylo příbuzných jak rumunským, tak německým vzorkům, 1 druh (3 %) byl příbuzný rumunským vzorkům, 1 druh (3 %) byl příbuzný německým vzorkům a 2 druhy (6 %) tvořily samostatnou českou větev. Tato práce sloužila jako předběžná studie české motýlí mitochondriální diverzity a účinnosti barcodingu, ale k dokončení studie je potřeba více dat.
Barcoding of Czech butterflies
Keywords: DNA; barcoding; sekvence; denní motýli; DNA; barcode; sequence; butterflies