Conformational Study of a Flexibility of the Fluorescence Dye QSY21 - Zimandl, Filip (Jihočeská univerzita, 2010)
Tato bakalářská práce se týká teoretické studie flexibility fluorescenčního barviva QSY 21. Hlavním úkolem práce bylo najít energeticky nejstabilnější konformery ve vodném prostředí a poskytnout tak vhodnou startovní strukturu pro MD simulaci barviva navázaného na DNA. Dále byla spočtena bariéra rotace mezi centrálním xanthenovým kruhem a postranním aromatickým řetězcem. Výpočty prokázaly ve shodě se simulací molekulovou dynamikou, že se jedná o tzv. bráněnou rotaci.
Conformational Study of a Flexibility of the Fluorescence Dye QSY21
Keywords: Výpočetní chemie; kvantová mechanika; flourescenční barvivo; QSY 21; DNA; konformace; struktura; fluorescence; FRET; simulace; Computational chemistry; quantum mechanics; fluorescence dye; dark quencher; QSY 21; DNA; conformation; structure; simulation; fluorescence; FRET