Vyšetření laktózové intolerance metodou sekvenování - Javůrková, Petra (Jihočeská univerzita, 2019)
Laktózová intolerance patří mezi nejčastější potravinové intolerance. Je způsobena úbytkem enzymu laktázy v epitelu tenkého střeva, což vede k nedostatečnému zpracování laktózy přijaté potravou a jejímu hromadění. Úbytek laktázy může být buď vrozený, primární nebo sekundární. První dva zmíněné typy jsou podmíněny geneticky. Velký zájem o tuto problematiku v posledních letech vedl k identifikaci polymorfismů, které jsou za laktózovou intoleranci zodpovědné. V evropské populaci se vyskytují dva nejvýznamnější polymorfismy asociované s laktózovou intolerancí: C/T-13910 a G/A-22018. Patří tedy k prakticky jediným vyšetřovaným polymorfismům v naší populaci. Každý známý SNP je označen dle NCBI identifikačním číslem (ID), podle kterého může být identifikován a dohledán v genových databázích, odborných publikacích apod. Polymorfismus C/T-13910 je dle NCBI označován kódem rs4988235 a G/A-22018 kódem rs182549. Zatímco ale o dopadu homozygotního i heterozygotního genotypu na jedince v obou polymorfismech víme, v odborné literatuře se téměř nelze dočíst o kombinovaném genotypu. V praktické části této bakalářské práce jsem se proto zaměřila mimo jiné na jedince, kteří jsou homozygotní pouze v jednom z polymorfismů. Všichni pacienti byli vybráni na základě předběžných výsledků získaných pomocí metody PCR-RFLP a byli znovu vyšetřeni druhou nezávislou metodou, sekvenováním. Soubor tvořilo celkem 20 vzorků s různým genotypy, z nichž poloviční zastoupení měl právě genotyp kombinovaný. Na základě porovnání výsledků získaných metodou sekvenování a metodou PCR-RFLP byly zjištěny neshody u 20 % vzorků. Po porovnání obou výše zmíněných diagnostických přístupů v diskusi jsem zhodnotila metodu sekvenování jako spolehlivější, na straně druhé je tato metoda náročnější na technické vybavení laboratoře a je také nákladnější než metoda PCR-RFLP. Také z tohoto důvodu se sekvenování pro rutinní diagnostiku laktózové intolerance nepoužívá.
Examination of lactose intolerance by DNA sequencing
Keywords: Laktózová intolerance; LCT; MCM6; polymorfismus C/T-13910; polymorfismus G/A-22018; Sangerovo sekvenování; PCR-RFLP; Lactose intolerance; LCT; MCM6; polymorphism C/T-13910; polymorphism G/A-22018; Sanger sequencing; PCR-RFLP