Výskyt lidských adenovirů v biologických vzorcích dýchacích cest u pacientů FN MOTOL - Nováková, Veronika (Jihočeská univerzita, 2020)
Lidské adenoviry se vyskytují celosvětově a způsobují endemické a epidemické one-mocnění. Adenovirové infekce jsou spojeny s vysokou morbiditou a mortalitou zejména u pediatrických příjemců krvetvorných kmenových buněk. Bakalářská práce se zabývá srovnáním komerční a in-house soupravy na detekci lidských adenovirů. Cílí na zlepšení diagnostiky adenovirových infekcí ve Fakultní nemocnici v Motole, především u imunokompromitovaných pacientů, kde je včasná a přesná diagnostika důležitá. Teoretická část práce obsahuje charakteristiku adenovirů, jejich klinické projevy a ne-moci a využití při experimentální léčbě. Praktická část práce je zaměřená na screening vzorků dýchacích cest pomocí kvantitativní in-house soupravy a její porovnání s dříve provedenou detekcí pomocí komerční soupravy Anyplex TM II RV16. Přítomnost adenovirů byla testována v 1881 vzorcích od 1420 pacientů s příznaky respirační infekce pomocí real-time PCR. Celkem se adenovirus podařilo detekovat ve 187 vzorcích (9,9%) od 169 pacientů (11,9%). Sto vzorků (53,5%) bylo pozitivních oběma metodami, 26 (13,9%) jen pomocí komerční detekce a 61 (32,6%) pozitivních pouze in-house metodou. Adenoviry byly nejčastěji detekovány na Pediatrické klinice, Klinice dětské hematoonkologie, dále také u dospělých imunosuprimovaných pacientů z III. chirurgické kliniky a Kliniky anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny. U všech pozitivních vzorků byla provedena následně sekvenace hypervariabilního úseku 1-6 hexonového genu přičemž reprezentativní sekvenci k identifikaci se nám podařilo získat u 70 vzorků. Nejčastěji byly detekovány genotypy C2 (25,7 %), A31 (24,3 %), B3 (15,7 %) a C1 (11,4 %). Z 26 vzorků pozitivních pouze soupravou Anyplex TM II RV16, se podařila sekvenace u 3 vzorků, které byly identifikovány jako genotyp B3, naopak v případě vzorků pozitivních pouze in-house soupravou bylo z 61 vzorků identifikováno 15 vzorků jako genotyp A31 a 3 vzorky jako AdV skupiny C. Srovnání souprav ukazuje na nedostatečnou citlivost komerční soupravy Anyplex TM II RV16 pro detekci adenovirů.
Detection of human adenoviruses from the respiratory samples from the patients of Motol University Hospital
Keywords: Lidský adenovirus; DNA viry; hexon; real-time PCR; sekvenace; Human adenovirus; DNA viruses; hexon; real-time PCR; sequencing