Detekce fytoplazem pomocí DNA-mikročipu - Marková, Jaroslava (Jihočeská univerzita, 2014)
Cílem práce bylo optimalizovat metodu detekce fytoplazem pomocí DNA-mikročipu. To zahrnovalo vhodnou metodu izolace genetického materiálu fytoplazmy, vývoj a optimalizaci PCR k namnožení různých skupin fytoplazem, optimalizaci detekce DNA na mikročipu a analýzu sekvencí fytoplazem k návrhu potenciálních lepších prób. PCR byla optimalizována pro sbírkové izoláty, poté i pro přírodní vzorky. Od všech zástupců 16Sr skupin sbírkových izolátů se podařilo získat sekvence a detekovat v nich fytoplazmu pomocí hybridizace. U přírodních vzorků se podařilo detekovat fytoplazmu ve vzorcích řepky olejky (Brassica napus), jetele lučního (Trifolium pretense), třapatky nachové (Echinacea purpurea) a jabloně domácí (Malus domestica). V DNA z hmyzích vektorů to bylo pouze u jediného vzorku s označením 202/6 ze skupiny 16Sr-XII. Sekvence jetele lučního a řepky olejky se shodují s databázovými vzorky skupiny 16Sr-I "Aster yellows".
Detection of phytoplasmas using DNA-microarrays
Keywords: fytoplazma; polymerázová řetězová reakce; reverzní transkripce; DNA-mikročip; phytoplasma; polymerase chain reaction; reverse transcription; DNA-microarray