Detekce fytopatogenní karanténní bakterie Erwinia amylovora metodou LAMP - Klojda, Martin (Jihočeská univerzita, 2016)
Erwinia amylovora je fytopatogenní bakterií způsobující spálu růžovitých rostlin. Jedná se o závažné onemocnění ovocných stromů, které ohrožuje okolo 200 druhů rostlin z čeledi Rosaceae (růžovité). Na tuto bakterii se vztahují přísná karanténní opatření. V současnosti je tento patogen rozšířen po celé Evropě, Blízkém východě, Středomoří, Novém Zélandu, ve Spojených státech a mnoha dalších oblastech. Mezi symptomy onemocnění patří spála listů, korové nekrózy, sekrece bakteriálního slizu z plodů a dalších napadených míst, vodnatění plodů. K rychlému šíření bakteriálních buněk přispívá opylující hmyz s jehož pomocí patogen infikuje květy a posléze další části rostliny. Proti tomuto patogenu není na území evropského kontinentu jiné ochrany, než šlechtění na rezistenci, karanténní opatření a využití antagonistických bakterií. Z toho plyne, že časné rozpoznání příznaků je klíčové v zabránění větších škod. Pro diagnostické účely bylo vyvinuto mnoho technik od kultivačních metod, až po sérologické a molekulárně genetické metody. V této práci přináším popis některých z těchto metod se zaměřením na techniku LAMP (loop-mediated isothermal amplification), která je nejen díky jejímu průběhu za izotermických podmínek velice rychlá, citlivá a také levnější oproti jiným metodám. Jelikož je Erwinia amylovora patogenem, který se rychle šíří, zdá se být LAMP velmi slibným diagnostickým nástrojem.
Detection of phytopathogenic quarantine bakterium Erwinia amylovora using LAMP technique
Keywords: Erwinia; amylovora; spála růžovitých rostlin; LAMP; loop-mediated isothermal amplification; Erwinia amylovora; Fire Blight; LAMP; loop-mediated isothermal amplification