Detekce a identifikace virů pomocí sekvenování nové generace (NGS) - Podrábská, Kateřina (Jihočeská univerzita, 2017)
Sekvenování nové generace je moderní metoda aplikovaná v rostlinné virologii k citlivé detekci již charakterizovaných a nových patogenů bez jejich jakékoliv předešlé znalosti.V této studii byly detekovány tři nové a dva již popsané viry de-novo skládáním single- end čtení z NGS Illumina (Hi-Seq 2500 systém) z celkové poly(A) obohacené RNA nemocného jetele lučního (Trifolium pratense) a indikátorové rostliny tabáku (Nicotiana occidentalis 37B).Kompletní sekvence genomu nového viru Red clover carlavirus A byla určena ze čtení z NGS Illumina,5´,3´RACE, klonováním, RT-PCR a sangerovo sekvenováním.Přítomnost viru Red clover carlavirus A byla také potvrzena v mechanicky inokulovaném tabáku.
The detection and identification of viruses by next-generation sequencing (NGS)
Keywords: rostlinné viry; sekvenování nové generace (Illumina); bioinformatická analýza; de-novo skládání genomu; jetel luční; Red clover carlavirus A; detekční a diagnostické metody v rostlinné virologii; sekvenování nové generace ve virologii; plant viruses; next-generation sequencing (Illumina); bioinformatic analysis; de-novo genome assembly; red clover; Red clover carlavirus A; detection and diagnostic methods in plant virology; next-generation sequencing in virology