Genotypizace vybraných kandidátních markerů rezistence proti lentivirovým infekcím malých přežvýkavců - Farková, Barbora (Jihočeská univerzita, 2022)
Lentivirové infekce malých přežvýkavců (SRLV - Small Ruminant Lentiviruses) známé jako onemocnění maede-visna u ovcí a virová artritida a encefalitida u koz jsou rozšířené po celém světě a způsobují značné ekonomické ztráty. Lentivirová onemocnění byla zahrnuta do aktuální Metodiky kontroly zdraví zvířat a nařízené vakcinace pro chovy zařazené v kontrole užitkovosti. Kontrolní programy jsou zpravidla založené na sérologickém screeningu a následně jsou sérologicky pozitivní zvířata vyřazena z chovu. V literárním přehledu uvádím významné lentiviry včetně těch, které nebyly předmětem analýz. Cílem této práce byl screening výskytu lentivirových infekcí u malých přežvýkavců v České republice a dále pak genotypizace vybraného kandidátního markeru a nalezení genotypu souvisejícího s možností genové rezistence. Celkem bylo odebráno přes 3200 vzorků krve ovcí a koz u chovatelů v rámci celé České republiky. Genotypizace byla provedena u stád, kde byl zachycen výskyt sérologicky pozitivních zvířat. Amplifikace zkoumané sekvence DNA byla prováděna pomocí PCR (Polymerase chain reaction) analýzy, při správné amplifikaci daného úseku následovala sekvenační analýza a výsledky byly statisticky vyhodnoceny. V mé práci jsem došla k závěru, že v České republice byl dosud zachycen výskyt 2 z 5 možných genotypů SRLV (genotyp A a B) a distribuce různých subtypů u ovcí a koz. Největší rozdíly vykazovaly sekvence u genotypu A, kde jedna skupina izolátů vykazovala možnost zařazení do zcela nového subtypu. U ovcí se podařilo identifikovat všechny tři genotypy genu TMEM154. Výskyt sérologicky pozitivních byl statisticky významně vyšší u zvířat s rizikovým genotypem. Z důvodu možné mutace viru a vzniku nového subtypu genotypu A je pravděpodobnost větší adaptace viru pro napadení a infekci jedinců s více rezistentním genotypem. U koz byl prokázán pouze jeden genotyp, takže zde s největší pravděpodobností nelze najít marker související s rezistencí proti SRLV infekcím.
Genotypization of selected candidate markers for resistance against lentiviral infections of small ruminants
Keywords: lentiviry; SRLV; genotypizace; marker; přežvýkavec; rezistence; lentiviruses; SRLV; genotyping; marker; ruminant; resistance