Metoda loop-mediated isothermal amplification pro detekci fytopatogenních bakterií

Abstract

Cílem šlechtění zemědělských plodin je zlepšení žádoucích vlastností jak z pohledu pěstitele požadující vysoký výnos, snadné zpracování a nízké náklady, tak i spotřebitele hledající vysokou kvalitu a zdravotní nezávadnost. Současný vysoký tlak patogenů představuje pro šlechtění náročné úkoly. Jedním ze současných problémů pěstování řepky olejky (brukev řepka, B. napus subsp. napus) je onemocnění známé jako nádorovitost košťálovin. Toto onemocnění způsobuje obligátní biotrofní patogen Plasmodiophora brassicae, který velice dlouho přežívá v půdě (Wallenhammar 1996). V současnosti představuje toto onemocnění v celosvětovém měřítku jedno z nejzávažnějších problémů pěstování brukvovitých plodin (Howard et al. 2010). Možnosti boje proti nádorovitosti jsou v současnosti relativně omezené. Tradiční metodou je vápnění, použití fungicidů nebo pěstování rezistentních/tolerantních odrůd. Vzhledem k tomu, že vápnění není dostatečně účinné, použití fungicidů je finančně náročné a omezeno kvůli potencionální zdravotní závadnosti, představuje použití rezistentní odrůd jedno z nejlepších řešení (Dixon 2009). Navzdory tomu, že je v současnosti identifikováno několik šlechtitelských zdrojů rezistence, jen u velice malého množství je známa jejich podstata, která by byla efektivně použitelná pro marker asistované šlechtění (MAS) při tvorbě efektivních genotypů s několika rezistentními mechanismy (Ueno et al. 2012). Současné rezistentní/tolerantní odrůdy jsou často vyšlechtěné z jednoho rezistentního materiálu a obsahují pouze jeden gen rezistence. U takovýchto odrůd je rezistence často patotypově specifická a při silném infekčním tlaku ji patogen překoná v rámci několika let nebo je genotyp napaden jiným patotypem, který se na daném místě také nachází (Diederichsen et al. 2009).