| dc.contributor.advisor | Jirků, Kateřina | |
| dc.contributor.author | Šloufová, Martina | |
| dc.date.accessioned | 2025-03-06T08:06:17Z | |
| dc.date.available | 2025-03-06T08:06:17Z | |
| dc.date.issued | 2022 | |
| dc.date.submitted | 2022-04-13 | |
| dc.identifier.uri | https://dspace.jcu.cz/handle/20.500.14390/46244 | |
| dc.description.abstract | Hlavním cílem této práce bylo zavedení a optimalizace qPCR protokolu pro detekci střevního prvoka Blastocystis sp. Zároveň byla porovnána citlivost konvenční PCR (cPCR) a real-time PCR (qPCR) v souboru 288 vzorků od asymptomatických jedinců. Pomocí qPCR byla detekována celková prevalence Blastocystis sp. 29 %. Na základě našich výsledků jsme zjistili, že qPCR je citlivější metodou než cPCR. Dále byla posuzována diverzita subtypů stanovená dle Next-generation sekvenování (NGS) a Sangerova sekvenování. Diverzita subtypů na základě NGS zcela korelovala s výsledky ze Sangerova sekvenování, nicméně vykazovala vyšší citlivost v identifikaci směsných kolonizací subtypů v jenom hostiteli. Kombinace qPCR a NGS by mohla být přínosná pro budoucí epidemiologické studie. | cze |
| dc.format | 51 s (89 940 znaků) | |
| dc.format | 51 s (89 940 znaků) | |
| dc.language.iso | cze | |
| dc.publisher | Jihočeská univerzita | cze |
| dc.rights | Bez omezení | |
| dc.subject | Blastocystis sp. | cze |
| dc.subject | reeal-time PCR | cze |
| dc.subject | konvenční PCR | cze |
| dc.subject | next-generation sekvenování | cze |
| dc.subject | Blastocystis sp. | eng |
| dc.subject | reeal-time PCR | eng |
| dc.subject | conventional PCR | eng |
| dc.subject | next-generation sequencing | eng |
| dc.title | qPCR diagnostika střevního prvoka <i>Blastocystis</i> sp. v souboru vzorků od zdravých lidí | cze |
| dc.title.alternative | qPCR diagnostics of the intestinal protist <i>Blastocystis</i> sp. in a set of samples from healthy people | eng |
| dc.type | diplomová práce | cze |
| dc.identifier.stag | 62767 | |
| dc.description.abstract-translated | The main aim of this study was to introduce and optimize the qPCR diagnostic protocol for detection of intestinal protist, Blastocystis sp. We compared the sensitivity of conventional PCR (cPCR) and real-time PCR (qPCR) in a set of 288 human samples from gut-healthy individuals and subtype diversity as detected by Next-generation sequencing (NGS) versus Sanger sequencing. The overall prevalence of Blastocystis sp. was 29 %. Based on the results, we found out that qPCR is a more sensitive method than cPCR. In subtype detection, NGS was completely in agreement with Sanger sequencing but showed higher sensitivity for mixed subtype colonization within one host. A combination of these two approaches could be beneficial for future epidemiological studies. | eng |
| dc.date.accepted | 2022-05-23 | |
| dc.description.department | Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-discipline | Klinická biologie | cze |
| dc.thesis.degree-grantor | Jihočeská univerzita. Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-name | Mgr. | |
| dc.thesis.degree-program | Biologie | cze |
| dc.description.grade | Dokončená práce s úspěšnou obhajobou | cze |
| dc.description.defence | <p>Obhajoba probíhala prezenčně. Komise se sešla ve stejném složení jako ve schváleném návrhu.</p>
<p>1. Studentka představila výsledky své práce během 20 minut.</p>
<p>2. Školitelka přečetla svůj posudek a se studentkou byla spokojena.</p>
<p>3. Předseda komise vyzval oponenta Dr. Saka k přečtení posudku.</p>
<p>4. Dr. Sak přečetl posudek, své komentáře, připomínky a vznesl dotazy:</p>
<p>Stupně kolonizace <em>Blastocystis</em> sp. Zoonotické subtypy ST6 a ST7 a kontakt se zvířaty. Optimální metoda pro laboratorní vyšetření <em>Blastocystis</em> sp.</p>
<p>5. Studentka zodpověděla dotazy ke spokojenosti oponenta.</p>
<p>6. Předseda komise vyzval oponenta Dr. Fialu k přečtení posudku.</p>
<p>7. Dr. Fiala přečetl posudek, své komentáře, připomínky a vznesl dotazy:</p>
<p>Sekvence subtypů na základě SSU rDNA. Stupeň kolonizace. Pozitivně a negativně identifikované vzorky. NGS sekvenování u vzorků s nízkou hodnotou Ct. Vysvětlení nízkého záchytu blastocyst v práci Poirier et al. 2011.</p>
<p>8. Studentka zodpověděla dotazy ke spokojenosti oponenta.</p>
<p>9. Proběhla diskuze nad dotazy komise.</p>
<p>10. Komise hlasovala 5x výborně, průměr 1,00, čili konečné hodnocení výborně.</p> | cze |
