| dc.contributor.advisor | Piálek, Lubomír | |
| dc.contributor.author | Kotalová, Daniela | |
| dc.date.accessioned | 2026-01-06T11:55:08Z | |
| dc.date.available | 2026-01-06T11:55:08Z | |
| dc.date.issued | 2023 | |
| dc.date.submitted | 2022-12-09 | |
| dc.identifier.uri | https://dspace.jcu.cz/handle/20.500.14390/48614 | |
| dc.description.abstract | Tato studie vytváří de novo referenční genom Crenicichla semifasciata kombinací sekvenačních dat ze dvou platforem 10x Genomics a Oxford Nanopore Technologies. Data byla zpracována jak jednotlivě, tak hybridní assembly. Pro všechny sestavy genomu byla stanovena hodnocení spojitosti a úplnosti. | cze |
| dc.format | 42 s. | |
| dc.format | 42 s. | |
| dc.language.iso | cze | |
| dc.publisher | Jihočeská univerzita | cze |
| dc.rights | Bez omezení | |
| dc.subject | bioinformatika | cze |
| dc.subject | sestavení genomu | cze |
| dc.subject | hybridní assembly | cze |
| dc.subject | 10x Genomics | cze |
| dc.subject | Oxford nanopore | cze |
| dc.subject | BUSCO | cze |
| dc.subject | bioinformatics | eng |
| dc.subject | genome assembly | eng |
| dc.subject | hybrid assembly | eng |
| dc.subject | 10x Genomics | eng |
| dc.subject | Oxford nanopore | eng |
| dc.subject | BUSCO | eng |
| dc.title | Sestavení genomu cichlidy <i>Crenicichla semifasciata</i> kombinací sekvencí z různých sekvenačních platforem | cze |
| dc.title.alternative | Genome assembly of the cichlid <i>Crenicichla semifasciata</i> in combination of sequences from different sequencing platforms | eng |
| dc.type | diplomová práce | cze |
| dc.identifier.stag | 62470 | |
| dc.description.abstract-translated | By a combination of sequencing data from two platforms 10x Genomics and Oxford Nanopore Technologies, this study creates a de novo reference genome of Crenicichla semifasciata. Data were processed by both individual and hybrid assembly. Contiguity and genome completeness evaluations were determined for all assemblies. | eng |
| dc.date.accepted | 2023-01-18 | |
| dc.description.department | Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-discipline | Experimentální biologie - specializace Molekulární a buněčná biologie a genetika | cze |
| dc.thesis.degree-grantor | Jihočeská univerzita. Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-name | Mgr. | |
| dc.thesis.degree-program | Biologie | cze |
| dc.description.grade | Dokončená práce s úspěšnou obhajobou | cze |
| dc.contributor.referee | Mikula, Ondřej | |
| dc.contributor.referee | Provazník, Jan | |
| dc.description.defence | <p>10.23 - 10.37 uchazečka přednesla obhajobu</p>
<p>RNDr. Ing. L.Piálek, Ph.D. přečetl školitelský posudek. Mgr. Ondřej Mikula, Ph.D. přečetl oponentský posudek. RNDr. Pavel Duda přečetl v zastoupení oponentský posudek Mgr. Jana Provazníka. Dotazy: O jaký typ chyb se jedná v případě Oxford Nanopore technologies? Jsou náhodné a jak se liší oproti chybám technologie Illumin? Jak na tom byla sestava "Hybridní 3000 I" s počtem duplikovaných Buscogenů? O.Nedvěd: Kladně ohodnotil obrázky v diplomoé práci. R.Fuchs: Jsou chyby na genomu rozmístěny náhodně nebo systematicky? O.Nedvěd: jak by se Vaše práce lišila, kdyby jste práci dělala na čolcích? R.Fuchs: Jak dlouho výpočetně trvá zpracování výsledků? Uchazečka zodpověděla dotazy oponentů.</p>
<p>Obhajoba proběhla prezenčně. Zapisovatel: Mgr. Jana Maxerová. Komise zasedla ve jmenovaném složení, pouze Mgr. J.Provazník byl omlouven. </p>
<p> Hlasování: 6x výborně 1x velmi dobře</p>
<p> </p> | cze |
