| dc.contributor.advisor | Nguyen, Petr | |
| dc.contributor.author | Pilíková, Aneta | |
| dc.date.accessioned | 2026-01-06T11:55:09Z | |
| dc.date.available | 2026-01-06T11:55:09Z | |
| dc.date.issued | 2023 | |
| dc.date.submitted | 2023-04-13 | |
| dc.identifier.uri | https://dspace.jcu.cz/handle/20.500.14390/48617 | |
| dc.description.abstract | Tato práce se zabývala identifikací sekvencí pohlavního chromozomu W motýlů. Genom samice předivky brslenové (Yponomeuta cagnagella) byl sekvenován technologií Oxford Nanopore a podařilo se jej poskládat do poměrně kompletního assembly. Byly nalezeny k-mery specifické pro samice a postupem YGS byly identifikovány kandidátní sekvence odpovídající chromozomu W, které byly ověřeny metodou PCR. | cze |
| dc.format | 53. | |
| dc.format | 53. | |
| dc.language.iso | cze | |
| dc.publisher | Jihočeská univerzita | cze |
| dc.rights | Bez omezení | |
| dc.subject | motýli | cze |
| dc.subject | Lepidoptera | cze |
| dc.subject | předivka brslenová | cze |
| dc.subject | Yponomeuta cagnagella | cze |
| dc.subject | chromosom W | cze |
| dc.subject | neo-pohlavní chromozomy | cze |
| dc.subject | bioinformatika | cze |
| dc.subject | k-mer | cze |
| dc.subject | k-merová analýza | cze |
| dc.subject | PCR markery | cze |
| dc.subject | sestavení genomu | cze |
| dc.subject | Oxford Nanopore | cze |
| dc.subject | repetitivní DNA | cze |
| dc.subject | butterflies | eng |
| dc.subject | Lepidoptera | eng |
| dc.subject | Yponomeuta cagnagella | eng |
| dc.subject | W chromosome | eng |
| dc.subject | neo-sex chromosomes | eng |
| dc.subject | bioinformatics | eng |
| dc.subject | k-mer | eng |
| dc.subject | k-mer analysis | eng |
| dc.subject | PCR markers | eng |
| dc.subject | genome assembly | eng |
| dc.subject | Oxford Nanopore | eng |
| dc.subject | molecular sexing | eng |
| dc.subject | repetitive DNA | eng |
| dc.title | Vývoj molekulárních markerů pro určení pohlaví u předivky brslenové
<i>(Yponomeuta cagnagella)</i> | cze |
| dc.title.alternative | Development of molecular markers for sex determination of the spindle ermine moth <i>(Yponomeuta cagnagella)</i> | eng |
| dc.type | diplomová práce | cze |
| dc.identifier.stag | 62770 | |
| dc.description.abstract-translated | The thesis focuses on developing a female-specific marker for the spindle ermine moth Yponomeuta cagnagella (Lepidoptera). The genome of a female specimen was sequenced using Oxford Nanopore technology, yielding a highly complex assembly. Female-specific kmers were extracted, and candidate sequences corresponding to the W chromosome were identified using the YGS kmer based pipeline. In silico verification confirmed the specificity of these sequences and primers were designed for the four predicted female markers. However, PCR experiments revealed that these sequences were not sex-specific and therefore could not be used for molecular sexing. | eng |
| dc.date.accepted | 2023-05-23 | |
| dc.description.department | Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-discipline | Experimentální biologie - specializace Molekulární a buněčná biologie a genetika | cze |
| dc.thesis.degree-grantor | Jihočeská univerzita. Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-name | Mgr. | |
| dc.thesis.degree-program | Biologie | cze |
| dc.description.grade | Dokončená práce s úspěšnou obhajobou | cze |
| dc.contributor.referee | Čegan, Radim | |
| dc.contributor.referee | Gahurová, Lenka | |
| dc.description.defence | <p>Obhajoba proběhla prezenční formou, v češtině. Komise: Mgr. Aleš Horák, Ph.D., doc. Hassan Hashimi, Ph.D., Mgr. Lenka Chodáková, Ph.D., RNDr. Alena Panicucci Zíková, Ph.D. Oponenti: Mgr. Aleš Horák, Ph.D., a Mgr. Radim Čegan, Ph.D. </p>
<p>Průběh obhajoby:</p>
<p>1. Školitel RNDr. Petr Nguyen, Ph.D. přečetl svůj posudek.</p>
<p>2. Studentka prezentovala v ca. 20 min svou práci.</p>
<p>3. Oponent R. Čegan sumarizoval svoj posudok, vyzdvihol formálnu stránku práce. Chválil zaujímavé výsledky a množstvo použitých metód. Vyzdvihol schopnosť študentky spracovať a prezentovať výsledky. Potom diskutoval svoje otázky. </p>
<p>4. Oponentka L. Gahurová sumarizovala svoj posudok. Ocenila zrozumiteľnosť práce a formálnu stránku napísanej práce. Študentka vyzdvihla schopnost študentky samostatne pracovať a kriticky premýšľať. Oponentka so študentkou následne diskutovala svoje otázky.</p>
<p>5. Diskuze s komisí.</p>
<p>6. Neveřejná část, hlasování pomocí hlas. lístků.</p> | cze |
