| dc.contributor.advisor | Doležel, David | |
| dc.contributor.author | Hejzlarová, Adéla | |
| dc.date.accessioned | 2026-01-06T11:55:14Z | |
| dc.date.available | 2026-01-06T11:55:14Z | |
| dc.date.issued | 2023 | |
| dc.date.submitted | 2022-12-09 | |
| dc.identifier.uri | https://dspace.jcu.cz/handle/20.500.14390/48636 | |
| dc.description.abstract | Bázové editory jsou poměrně novou metodou založenou na systému CRISPR
Cas9, zavádějící cílené změny na konkrétní místo v genomu. V této práci byly
navrženy komplementární gRNA ke čtyřem cílovým úsekům ležícím na
spliceozomálních stranách exonů a intronů white genu u octomilek (Drosophila
melanogaster). Následně byla zkoumána efektivita čtyř vybraných bázových editorů
Target-AID; nos-B; nos-ABE7.10 a nos-AID a enzymu Cas9. Celkem bylo
v teplotách 18, 25 a 28 °C sledováno 116 556 samců. I když se efektivita pohybovala
v řádu procent, tak bylo nasbíráno 1906 mutantů. Ačkoli nukleáza Cas9 vykazovala
vyšší účinnost editace, ve většině případů docházelo k větším změnám (inzerce a
delece), zatímco bázové editory byly velmi precizní. Pro specifikaci změn v DNA
byli vybráni běloocí a mozaicisní jedinci, kteří byli genotypizováni a sekvenováni.
Jediný editor, u kterého nebyli zaznamenáni žádní mutantní samci je nos-AID. | cze |
| dc.format | 77 | |
| dc.format | 77 | |
| dc.language.iso | cze | |
| dc.publisher | Jihočeská univerzita | cze |
| dc.rights | Bez omezení | |
| dc.subject | Octomilka | cze |
| dc.subject | bázové editory | cze |
| dc.subject | CAS9 | cze |
| dc.subject | genová editace | cze |
| dc.subject | gen white | cze |
| dc.subject | Fruit fly | eng |
| dc.subject | Base editors | eng |
| dc.subject | CAS9 | eng |
| dc.subject | gene editing | eng |
| dc.subject | white gene | eng |
| dc.title | Efektivní screening bázových editorů v mutagenezi <i>Drosophila melanogaster</i> | cze |
| dc.title.alternative | Efficient screening of base editors in Drosophila melanogaster mutagenesis | eng |
| dc.type | diplomová práce | cze |
| dc.identifier.stag | 64561 | |
| dc.description.abstract-translated | Base editors are a relatively new method based on the CRISPR Cas9 enzyme
introducing targeted changes to a specific site in the genome. In this work,
complementary gRNAs have been designed to four target regions located on the
spliceosomal sides of exons and introns of the white gene in the fruit fly Drosophila
melanogaster. Subsequently, the efficiency of four selected base editors Target-AID;
nos-B; nos-ABE7.10 and nos-AID and the nuclease Cas9 were investigated. A total
of 116, 556 males were monitored at 18, 25 and 28 °C. Although efficiencies were in
the order of percents, 1906 mutants were collected. Even though the Cas9 nuclease
showed higher editing efficiency, the base editors provided way more precise
changes in targeted regions. It also contained a higher number of unwanted indels, in
contrast to single nucleotide changes generated using base editors. Selected white
eyed and mosaic individuals were genotyped and sequenced. The only editor for
which no mutant males were observed is nos-AID. | eng |
| dc.date.accepted | 2023-01-19 | |
| dc.description.department | Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-discipline | Experimentální biologie - specializace Molekulární a buněčná biologie a genetika | cze |
| dc.thesis.degree-grantor | Jihočeská univerzita. Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-name | Mgr. | |
| dc.thesis.degree-program | Biologie | cze |
| dc.description.grade | Dokončená práce s úspěšnou obhajobou | cze |
| dc.contributor.referee | Bajgar, Adam | |
| dc.contributor.referee | Bazalová, Olga | |
| dc.description.defence | <p>Školiteľ: Mgr. David Doležel, Ph.D.</p>
<p>Oponenti: Mgr. Olga Bazalová, Ph.D., Mgr. Adam Bajgar, Ph.D. (obaja prítomní)</p>
<p>Komisia sa stretla v nezmenenom zložení.</p>
<p>Študentka v časovom limite prezentovala svoju magisterskú diplomovú prácu. </p>
<p>Školiteľ následne prečítal svoj posudok a vyjadril spokojnosť so študentkinou pracovitosťou a množstvom odvedenej práce. </p>
<p>Obaja oponenti sa zhodli, že práca splňuje všetky formálne náležitosti a odvedené množstvo práce bolo úctyhodné. Oponenti následne pristúpili k diskusii so študentkou. Oponenti boli spokojní s odpoveďami študentky. </p>
<p>Následne prebehla diskusia s členmi komisie:<br />
Mgr. Iva Mozgová, Ph.D.: Můžete spekulovat o tom, jaký efekt ma teplota na vznik mutantů? Znáte jak je to s enzymovou kinetikou? Hybridizací gRNA?<br />
Mgr. Adam Bajgar, Ph.D.: Záleží na původu enzymu Cas9?<br />
doc. Hassan Hashimi, Ph.D.: Jak v systému funguje deamináza?<br />
doc. Mgr. Tomáš Doležal, Ph.D.: Jak probíha dědění gRNA/bázový editor? Je možnost, že oko wt, ktoré je jinak červené ako oko mozaiky?<br />
Školiteľ sa taktiež zapojil do diskusie. <br />
<br />
<br />
</p> | cze |
