Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions

Abstract

Rod Pseudomonas obsahuje ubikvitní bakterie s vysokým biotechnologickým potenciálem. Nově popsaný druh Pseudomonas prosekii pochází ze vzorků získaných na ostrově Jamese Rosse v Antarktidě. Ačkoli lze předpokládat jeho endemismus, nebyly dosud popsány adaptační mechanismy zajišťující přežití baterie v extrémních podmínkách Antarktidy. Cílem páce bylo stanovit celogenomovou sekvenci dvou kmenů P. prosekii, genomy charakterizovat a dále se soustředit na geny související s adaptací na chlad a další stresové podmínky. V práci jsme identifikovali a analyzovali geny vázané na chladový šok a oxidační stres, osmoregulaci, produkci exopolysacharidů a sideroforů i geny související s tvorbu biofilmu. Srovnávací analýza P. prosekii a P. aeruginosa PAO1 vyzdvihla rozdíly v genomu extremofilního druhu a mezofilní oportunně patogenní bakterie.