Detekce bakterií Ralstonia solanacearum patogenních pro rajče, papriku a brambor metodou loop-mediated isothermal amplification

Abstract

Pro rychlou detekci karanténní bakterie Ralstonia solancearum patogenní pro rajče, brambor a papriku, byla využita metoda LAMP. Na základě analýzy sekvence genu fliC byla in silico navržena sada LAMP primerů s maximální teoretickou specifitou pouze pro Ralstonia solanacearum. Následně byla metoda optimalizována tak, aby byla schopna detekovat pouze bakterii Ralstonia solanacearum a rozlišit ji od ostatních fytopatogenních bakterií napadající brambor, rajče a papriku. Pomocí LAMP lze detekovat bakterii z velice malého množství DNA za dobu menší, než 30 minut v reálném čase. Metoda je schopna amplifikovat DNA o koncentraci 0,00001 ng/?l. Pro specifičtější detekci je však vhodnější koncentrace DNA vyšší.