Molecular characterisation of stolbur phytoplasma infecting red clover in the Czech Republic

Abstract

Testované vzorky jetele lučního (Trifolium pratense) se symptomy zakrslosti byly získány v průběhu podzimu 2004 ze šlechtitelské stanice v Hladkých Životicích. Po izolaci a amplifikaci 16S rDNA a následném restrikčním štěpení byla identifikována fytoplazma skupiny stolburu (16S rDNA XII-A). Pro bližší fylogenetické zařazení byly amplifikovány další dva geny. Analýza Tuf genu potvrdila předchozí závěr a pomocí štěpení enzymem HpaII byl idetifikován Tuf type II. Následná analýza genu pro DNA helikázu byla orientační (restrikční profily doposud nebyly publikovány). Srovnání sekvencí genu 16S rDNA, Tuf genu a genu pro DNA helikázu s daty v GenBank potvrdilo zařazení diagnostikované fytoplazmy do skupiny stolburu resp. do taxonu Candidatus Phytoplasma solani, což potvrdilo předešlou PCR/RFLP analýzu.