Polymorfismus mikrosatelitových markerů u kmenů <i>Beauveria bassiana</i>.

Abstract

<i>Beauveria bassiana</i> je entomopatogenní polyfágní houba, která se běžně vyskytuje v půdě a parazituje na půdním hmyzu, resp. na stádiích hmyzu, jež se vyskytují v půdě. Dnes se používá při ochraně rostlin proti více jak 70 druhům hmyzu. V České republice má \{Beauveria bassiana} nyní největší význam v boji proti lýkožroutu smrkovému <i>Ips typographus</i> v Národním parku Šumava. Tato práce byla zaměřena na hodnocení genetické variability kmenů entomopatogenní houby <i>Beauveria bassiana</i> na základě analýzy mikrosatelitů a porovnání čtyř separačních metod elektroforézy na 2% agarózovém gelu, elektroforézy na 3% synergelu, čipové elektroforézy a fragmentační analýzy z hlediska nejpřesnější separace PCR produktů. V této studii bylo použito 41 kmenů z NP Šumava a 20 kmenů ze sbírky, označených jako ostatní, kde kromě kmenů odebraných z celého světa, byly zahrnuty i kmeny odebrané z NP Krkonoše a jižní Moravy. Pro analýzu mikrosatelitů bylo použito 11 primerových párů a pro vzájemné porovnání metod byly vybrány pouze 4. Populace kmenů <i>Beauveria bassiana</i> odebrána z NP Šumava byla vyhodnocena na základě analýzy mikrosatelitů jako plně konzervativní a uzavřená bez ohledu na zdroj a lokalitu. U kmenů, které byly odebrány z celého světa, se projevila značná genetická variabilita. Z hlediska separace se jako nejlepší a nejvhodnější metoda pro detekci mikrosatelitů osvědčila fragmentační analýza. I přes její náročnou finanční stránku, se ukázala tato metoda jako nejpřesnější a nejcitlivější. Její výhoda spočívá v možnosti detekovat minimální rozdíly ve velikosti jednotlivých alel mikrosatelitů v rozmezí 1-2 bp, což je u gelové elektroforézy nemožné.