Strukturní studie mutantní varianty halogenalkandehalogenasy DhaA106

Abstract

Cílem diplomové práce bylo porovnání halogenalkandehalogenasy DhaA106 s jinými studovanými mutantními variantami téhož proteinu. Pro difrakční analýzu bylo nejprve nutno vypěstovat vhodné krystaly uvedeného proteinu. Pro krystalizaci byla použita základní metoda sedící kapky. Vypěstované tyčinkovité krystaly byly použity pro difrakční analýzu. Při difrakční analýze bylo získáno celkem 500 difrakčních záznamů, ze kterých byla vytvořena mapa elektronové hustoty a z níprostorový model molekulární struktury dehalogenasy.V modelu struktury byly následně přidány alternativní konformace aminokyselin, molekuly vody, zbytky srážecího roztoku a chlorid do aktivního místa. Po uvedené softwarové úpravě modelu byla provedena rafinacea validace finální struktury molekuly. Následně byla analyzována pentáda aminokyselin aktivního místa a celý protein. Hodnoty validace, rafinace a meziatomových vzdáleností v aktivním místě byly porovnány s několika mutantními variantami dehalogenasy, dále byly porovnány srážecí roztoky pro krystalizaci a sběr difrakčních dat. V posledním kroku práce byla studována interakce zvoleného substrátu na povrchu proteinu v blízkosti tunelu spojující aktivní místo s povrchem. Uvedená studie interakcí byla provedena na principu kombinace Monte-carlo metody s algoritmy predikce proteinové struktury.