qPCR diagnostika střevního prvoka <i>Blastocystis</i> sp. v souboru vzorků od zdravých lidí
Loading...
Date
Authors
Šloufová, Martina
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Jihočeská univerzita
Abstract
Hlavním cílem této práce bylo zavedení a optimalizace qPCR protokolu pro detekci střevního prvoka Blastocystis sp. Zároveň byla porovnána citlivost konvenční PCR (cPCR) a real-time PCR (qPCR) v souboru 288 vzorků od asymptomatických jedinců. Pomocí qPCR byla detekována celková prevalence Blastocystis sp. 29 %. Na základě našich výsledků jsme zjistili, že qPCR je citlivější metodou než cPCR. Dále byla posuzována diverzita subtypů stanovená dle Next-generation sekvenování (NGS) a Sangerova sekvenování. Diverzita subtypů na základě NGS zcela korelovala s výsledky ze Sangerova sekvenování, nicméně vykazovala vyšší citlivost v identifikaci směsných kolonizací subtypů v jenom hostiteli. Kombinace qPCR a NGS by mohla být přínosná pro budoucí epidemiologické studie.