Detekce Armillaria cepistipes metodou loop-mediated isothermal amplification

Abstract

Předmětem této práce je optimalizace metody loop-mediated isothermal amplification (LAMP) pro specifickou detekci václavky Armillaria cepistipes, kterou by bylo možné použít při terénních determinacích tohoto druhu. Tato houba je jedním ze sedmi druhů parazitických václavek, vyskytujících se zejména na jehličnatých stromech na celém území Evropy. Pro rozlišení jednotlivých druhů václavek na molekulární úrovni byly navrženy primery a asimilační sondy pro gen kódující translační elongační faktor 1-alfa (tefa). LAMP metoda byla optimalizována na přenosnou platformu Smart-DART (Diagenetix, USA), kterou lze využít k přímé a rychlé, druhově specifické detekci A. cepistipes ještě před objevením příznaků infekce napadených stromů václavkou díky vysoké citlivosti metody, detekující i nízké koncentrace (0,4 ng/µl) DNA izolované z rhizomorf.