Detekce a identifikace virů pomocí sekvenování nové generace (NGS)
Loading...
Date
Authors
Podrábská, Kateřina
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Jihočeská univerzita
Abstract
Sekvenování nové generace je moderní metoda aplikovaná v rostlinné virologii k citlivé detekci již charakterizovaných a nových patogenů bez jejich jakékoliv předešlé znalosti.V této studii byly detekovány tři nové a dva již popsané viry de-novo skládáním single- end čtení z NGS Illumina (Hi-Seq 2500 systém) z celkové poly(A) obohacené RNA nemocného jetele lučního (Trifolium pratense) a indikátorové rostliny tabáku (Nicotiana occidentalis 37B).Kompletní sekvence genomu nového viru Red clover carlavirus A byla určena ze čtení z NGS Illumina,5´,3´RACE, klonováním, RT-PCR a sangerovo sekvenováním.Přítomnost viru Red clover carlavirus A byla také potvrzena v mechanicky inokulovaném tabáku.
Description
Keywords
rostlinné viry, sekvenování nové generace (Illumina), bioinformatická analýza, de-novo skládání genomu, jetel luční, Red clover carlavirus A, detekční a diagnostické metody v rostlinné virologii, sekvenování nové generace ve virologii, plant viruses, next-generation sequencing (Illumina), bioinformatic analysis, de-novo genome assembly, red clover, Red clover carlavirus A, detection and diagnostic methods in plant virology, next-generation sequencing in virology