Využitelnost hmotnostní spektrometrie (MALDI - TOF) v identifikaci salmonel a odlišení od jiných bakterií z čeledi Enterobacteriaceae. Určování a výskyt sérovarů Salmonella Enteritidis v materiálu Synlab Č. B.

Abstract

Jako téma mé bakalářské práce jsem si vybrala diagnostiku a výskyt rodu Salmonella. Rod Salmonella je poměrně častá příčina průjmových onemocnění, které se u nás velmi často vyskytuje. Toto téma jsem si vybrala proto, že diagnostika salmonel je velmi náročná z důvodu možnosti záměny s jinými bakteriemi z čeledi Enterobacteriaceae a dále je velmi složitá, protože existuje velké množství sérotypů salmonel. Chtěla jsem porovnat metody, které se využívají k diagnostice salmonel a zjistit, která metoda je pro laboratoře nejvýhodnější z hlediska časového, finančního, ale také která metoda je nejvíce přesná. Líbila se mi při rozhodování tématu také rozmanitost možnosti diagnostiky. Má bakalářská práce je rozdělená do dvou větších úseků. První úsek se zabývá literární rešerší, týkající se rodu Salmonella. Nejprve jsem v teoretické části popsala bakteriální buňku, která je důležitá z toho důvodu, protože pomocí složení buněčné stěny můžeme rozlišit grampozitivní a gramnegativní bakterie, a tím vyloučit při mikroskopii grampozitivní bakterie. Pomocí tohoto údaje můžeme určit užší okruh bakterií, což nám usnadní identifikaci. Dále jsem se zabývala Kauffmann - Whiteovým schématem, podle něhož rozlišujeme jednotlivé sérotypy rodu Salmonella. Toto schéma je velmi důležité z hlediska diagnostiky a zařazení určovaného sérotypu. Dále následuje rozdělení rodu Salmonella dle typu infekce. Zabývala jsem se antropopatogenními salmonelami a zoopatogenními salmonelami a uvedla jsem významná onemocnění, která jsou způsobená rodem Salmonella. Poté jsem ve své práci řešila výskyt salmonel, způsob šíření atd. V poslední kapitole jsem se zmínila o léčbě salmonelóz, uvedla jsem jednoduchý nástin známých antibiotik a léků, které se používají na léčbu salmonelóz. Uvedla jsem, také velmi známý lék Endiaron, který je vhodný pro léčbu salmonelóz a nemá žádné vedlejší účinky. V druhém úseku mé bakalářské práce se věnuji metodice, což je kapitola, která shrnuje postup, jenž se využívá při stanovování salmonel. Zde uvádím všechny části laboratorního výzkumu, od preanalytické části, jako například odběr a transport. Poté se věnuji laboratorní části a postanalytické části. Nejrozsáhlejší je laboratorní část, která obsahuje diagnostiku od kultivace, metody založené na biochemických vlastnostech a metodou MAlDI TOF. Dále jsem zmínila sklíčkovou aglutinaci a latexovou aglutinace. Cílem mé práce bylo porovnat metodu MALDI TOF s jinými biochemickými metodami při určování rodu Salmonella. Nejlepší řešení v diagnostice salmonel je podle mého názoru přístroj MALDI TOF, který je nejrychlejší metodou v porovnání se biochemickou řadou API 20E a identifikace pomocí biochemického klínu. Dalším cílem mé práce bylo zjistit výskyt rodu Salmonella ve všech ročních obdobích. Zjistila jsem, že nejvíce vyskytujícím se sérotypem je Salmonella Enteritidis, poté Salmonella Typhimurium a v těsné blízkosti za ní Salmonella Montevideo. Salmonella Enteritidis se v materiálu Synlab czech s. r. o. se objevila celkem 601krát. Salmonella Typhimurium se vyskytla v materiálu Synlab czech s.r.o. celkem 31krát a Salmonella Montevideo byla čítána 13krát. Celkově jsem za rok 2013 napočetla 701 kmenů. Zde jsem sledovala také "exotičtější" sérotypy, které sem byly dovezeny podle mého názoru z turistických destinací s nižší hygienickou úrovní. Nejvyšší výskyt byl zaznamenán na podzim (září, říjen, listopad) 268 kmenů. Druhý nejčastější výskyt byl pozorován v letních měsících (červen - srpen), kdy bylo diagnostikováno celkem 224 salmonel. V zimě bylo 124 kmenů a na jaře 105 kmenů. Nejvyšší výskyt salmonel byl překvapivě v měsíci září, kdy bylo zachyceno 128 kmenů. Nejméně záchytů bylo zjištěno v měsíci březnu, kdy bylo nalezeno 24 kmenů.