Detekce a identifikace virů pomocí sekvenování nové generace (NGS)
Abstrakt
Sekvenování nové generace je moderní metoda aplikovaná v rostlinné virologii k citlivé detekci již charakterizovaných a nových patogenů bez jejich jakékoliv předešlé znalosti.V této studii byly detekovány tři nové a dva již popsané viry de-novo skládáním single- end čtení z NGS Illumina (Hi-Seq 2500 systém) z celkové poly(A) obohacené RNA nemocného jetele lučního (Trifolium pratense) a indikátorové rostliny tabáku (Nicotiana occidentalis 37B).Kompletní sekvence genomu nového viru Red clover carlavirus A byla určena ze čtení z NGS Illumina,5´,3´RACE, klonováním, RT-PCR a sangerovo sekvenováním.Přítomnost viru Red clover carlavirus A byla také potvrzena v mechanicky inokulovaném tabáku.