Validace metody PCR pro stanovení izotypových variant v genu ApoE

Abstract

Apolipoprotein E (APOE) byl objeven na počátku 70. let 20. století, jedná se o polypeptid s molekulovou hmotností 34 kDa, který je tvořený 299 aminokyselinami. Plní významnou úlohu v metabolismu cholesterolu a triacylglycerolů. Je důležitou součástí VLDL, HDL a chylomikronů. Gen APOE se nachází na dlouhém rameni chromozomu 19 v pozici 19q13.32. Skládá se ze tří intronů a čtyř exonů. Vyskytuje se ve třech alelách e2, e3 a e4, které kódují tři různé izoformy. Izoformy se mezi sebou liší ve dvou aminokyselinách (arginin a cystein) v pozici 112 a 158. Alela e3 je nejvíce zastoupená, vzácnější alely e2 a e4 jsou asociovány s různými typy onemocnění, například kardiovaskulárními chorobami, Alzheimerovou chorobou nebo hyperlipoproteinémií III. typu. Cílem mé bakalářské práce bylo sepsání rešerže na dané téma pomocí informací získaných z dostupných odborných publikací, praktické zvládnutí základních metod molekulární biologie (mezi které patří izolace DNA, měření koncentrace DNA, příprava PCR reakce a gelová elektroforéza) a provedení validace metody PCR pro stanovení genu APOE. Teoretická část obsahuje obecné informace o lipoproteinech, s nimi souvisejícím lipoproteinovým metabolismem a apolipoproteinech. Dále zahrnuje poznatky o samotném genu APOE, jeho produktu a vztahu APOE k vybraným onemocněním. A nakonec je uveden přehled laboratorních metod používaných pro genetickou analýzu izotypových variant v genu APOE. Praktická část, kterou jsem vykonala v genetické laboratoři GENLABS s.r.o v Českých Budějovicích, zahrnuje analýzu genotypu APOE a validaci metody PCR, která proběhla úspěšně, a proto může být metoda zařazena do běžné laboratorní praxe.