| dc.contributor.advisor | Piálek, Lubomír | |
| dc.contributor.author | Mikešová, Adéla | |
| dc.date.accessioned | 2025-03-06T08:05:39Z | |
| dc.date.available | 2025-03-06T08:05:39Z | |
| dc.date.issued | 2022 | |
| dc.date.submitted | 2022-04-13 | |
| dc.identifier.uri | https://dspace.jcu.cz/handle/20.500.14390/46155 | |
| dc.description.abstract | The submitted bachelor thesis deals with de novo sequencing of genome of the cichlid
species Crenicichla semifasciata on the Oxford Nanopore platform and its assembly with the Flye algorithm. The study further investigates the influence of sequencing depth on the BUSCO completeness assessment and N50 metrics of the obtained assembly. | cze |
| dc.format | 40 | |
| dc.format | 40 | |
| dc.language.iso | cze | |
| dc.publisher | Jihočeská univerzita | cze |
| dc.rights | Bez omezení | |
| dc.subject | MinION | cze |
| dc.subject | kompletnost BUSCO | cze |
| dc.subject | adaptivní radiace | cze |
| dc.subject | dlouhé sekvence | cze |
| dc.subject | MinION | eng |
| dc.subject | BUSCO completness | eng |
| dc.subject | adaptive radiation | eng |
| dc.subject | long reads | eng |
| dc.title | <i>De novo</i> sekvenování genomu <i>Crenicichla semifasciata</i> technologií Oxford Nanopore | cze |
| dc.title.alternative | The <i>De Novo</i> Genome Sequencing of <i>Crenicichla semifasciata</i> using Oxford Nanopore Technology | eng |
| dc.type | bakalářská práce | cze |
| dc.identifier.stag | 62471 | |
| dc.description.abstract-translated | The submitted bachelor thesis deals with de novo sequencing of genome of the cichlid
species Crenicichla semifasciata on the Oxford Nanopore platform and its assembly with the Flye algorithm. The study further investigates the influence of sequencing depth on the BUSCO completeness assessment and N50 metrics of the obtained assembly. | eng |
| dc.date.accepted | 2022-05-24 | |
| dc.description.department | Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-discipline | Biomedicínská laboratorní technika | cze |
| dc.thesis.degree-grantor | Jihočeská univerzita. Přírodovědecká fakulta | cze |
| dc.thesis.degree-name | Bc. | |
| dc.thesis.degree-program | Biologie | cze |
| dc.description.grade | Dokončená práce s úspěšnou obhajobou | cze |
| dc.contributor.referee | Provazník, Jan | |
| dc.description.defence | <p>9.38-9.50 prezentace bakalářské práce</p>
<p> školitel RNDr. Ing. L.Piálek, Ph.D. přečetl školitelský posudek, RNDr. J.Provazník přečetl oponentský posudek</p>
<p>Dotazy: Jaké metody byste volila pro zdokonalení stávajího postupu? Co Vám osobně přinese práce, kterou jste dělala? Bude tato metoda fungovat také pro jiné rody? Odhadnete velikost genomu u jiných Cichlid? Jakou velikost genomu má tento rod Cichlid? Uchazečka zodpověděla dotazy.</p>
<p>Obhajoba proběhla prezenčně. Zapisovatel: Mgr. Jana Maxerová. Komise zasedla ve jmenovaném složení, pouze doc. Říčan byl omlouven.</p>
<p>počet hostů: 5</p>
<p>body: 1194/9=133</p>
<p>hlasování: 9x výborně</p>
<p> </p> | cze |
