Identifikace vláknitých hub pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie

Abstract

Metoda hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí/ionizací za přítomnosti matrice s průletovým analyzátorem (MALDI-TOF MS) využívá techniku tzv. měkké ionizace. Jedná se o rychle a stále se rozvíjející metodu, jenž našla uplatnění pro analýzu proteinů, glykoproteinů, nukleových kyselin, lipidů a vysokomolekulárních i nízkomolekulárních látek. Průlom přinesla tato metoda do rutinních mikrobiologických laboratoří. Pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie je možné provádět identifikaci aerobních i anaerobních bakterií, kvasinek, mykobakterií, ale též určit rod a druh vláknitých mikromycet. Kromě identifikace mikroorganismů je možné detekovat mechanizmy antibiotické rezistence bakterií (např. -laktamáz zodpovědných za inaktivaci -laktamových antibiotik). Jedná se o snadno použitelnou metodu identifikace, přesnější, rychlejší a nákladově efektivnější než dosud využívané biochemické testy a srovnání makroskopického a mikroskopického vzhledu. Hmotnostní spektrometrie MALDI TOF analyzuje hmotnostní spektra proteinů (bakterie) a glykoproteinů (houby), která jsou druhově specifická pro zkoumaný a určovaný kmen. Určení kmene probíhá srovnáním získaného hmotnostního spektra s referenční databází spekter. V období od ledna 2013 do února 2014 bylo v rámci praktické části vyšetřeno 114 izolátů vláknitých hub, přičemž 80 kmenů zachycených jako původci povrchových mykóz a 34 kmenů jako původci systémových a orgánových mykóz. Všech 114 vzorků bylo určeno jak klasickými metodami identifikace, tak i pomocí MALDI TOF MS. Vybraná skupina izolátů byla porovnána s molekulárně genetickými metodami (PCR) s následnou sekvencí amplikonu. MALDI TOF hmotnostní spektrometrie je jednoduchou metodou pro identifikaci bakterií. Při testování vláknitých mikromycet je kladen hlavní důraz na fázi přípravy vzorku před samotným testováním, bylo odzkoušeno několik pracovních postupů jejichž úspěšnost je shrnuta v této bakalářské práci.