Efektivní screening bázových editorů v mutagenezi <i>Drosophila melanogaster</i>

Abstract

Bázové editory jsou poměrně novou metodou založenou na systému CRISPR Cas9, zavádějící cílené změny na konkrétní místo v genomu. V této práci byly navrženy komplementární gRNA ke čtyřem cílovým úsekům ležícím na spliceozomálních stranách exonů a intronů white genu u octomilek (Drosophila melanogaster). Následně byla zkoumána efektivita čtyř vybraných bázových editorů Target-AID; nos-B; nos-ABE7.10 a nos-AID a enzymu Cas9. Celkem bylo v teplotách 18, 25 a 28 °C sledováno 116 556 samců. I když se efektivita pohybovala v řádu procent, tak bylo nasbíráno 1906 mutantů. Ačkoli nukleáza Cas9 vykazovala vyšší účinnost editace, ve většině případů docházelo k větším změnám (inzerce a delece), zatímco bázové editory byly velmi precizní. Pro specifikaci změn v DNA byli vybráni běloocí a mozaicisní jedinci, kteří byli genotypizováni a sekvenováni. Jediný editor, u kterého nebyli zaznamenáni žádní mutantní samci je nos-AID.