Analýza genomu u patovarů bakterie <i>Pseudomonas syringae</i> a návrh vhodných oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu
Abstrakt
Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) je významným bakteriálním patogenem parazitujícím na širokém okruhu rostlin. Ps se rozděluje do patovarů podle hostitelského okruhu rostlin. Cílem této diplomové práce bylo stanovení velikosti genomu pomocí restrikčního štěpení a PFGE dostupných patovarů Ps, osekvenování vybraných genů a návrh oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu. Velikosti genomu zjištěné restrikčním štěpením a separací pomocí PFGE se lišily od dat dostupných ve veřejných databázích cca o 500 - 2000 kbp. Metoda je proto méně vhodná pro přesné stanovení velikosti genomu a takto získané výsledky jsou spíše orientační. Osekvenovány byly geny pro 16S a 23S rRNA, 16S-23S ITS a gyrB. Na jejich základě byla determinována vzájemná genetická variabilita patovarů Ps a porovnána s obdobnými pracemi. Sekvenování DNA bylo rovněž podkladem pro navržení oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu.