Identifikace vláknitých hub pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie
Abstrakt
Metoda hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí/ionizací za přítomnosti
matrice s průletovým analyzátorem (MALDI-TOF MS) využívá techniku tzv. měkké
ionizace. Jedná se o rychle a stále se rozvíjející metodu, jenž našla uplatnění pro
analýzu proteinů, glykoproteinů, nukleových kyselin, lipidů a vysokomolekulárních i
nízkomolekulárních látek. Průlom přinesla tato metoda do rutinních mikrobiologických
laboratoří. Pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie je možné provádět
identifikaci aerobních i anaerobních bakterií, kvasinek, mykobakterií, ale též určit rod a
druh vláknitých mikromycet. Kromě identifikace mikroorganismů je možné detekovat
mechanizmy antibiotické rezistence bakterií (např. -laktamáz zodpovědných za
inaktivaci -laktamových antibiotik).
Jedná se o snadno použitelnou metodu identifikace, přesnější, rychlejší a
nákladově efektivnější než dosud využívané biochemické testy a srovnání
makroskopického a mikroskopického vzhledu. Hmotnostní spektrometrie MALDI TOF
analyzuje hmotnostní spektra proteinů (bakterie) a glykoproteinů (houby), která jsou
druhově specifická pro zkoumaný a určovaný kmen. Určení kmene probíhá srovnáním
získaného hmotnostního spektra s referenční databází spekter.
V období od ledna 2013 do února 2014 bylo v rámci praktické části vyšetřeno
114 izolátů vláknitých hub, přičemž 80 kmenů zachycených jako původci povrchových
mykóz a 34 kmenů jako původci systémových a orgánových mykóz. Všech 114 vzorků
bylo určeno jak klasickými metodami identifikace, tak i pomocí MALDI TOF MS.
Vybraná skupina izolátů byla porovnána s molekulárně genetickými metodami (PCR)
s následnou sekvencí amplikonu.
MALDI TOF hmotnostní spektrometrie je jednoduchou metodou pro identifikaci
bakterií. Při testování vláknitých mikromycet je kladen hlavní důraz na fázi přípravy
vzorku před samotným testováním, bylo odzkoušeno několik pracovních postupů
jejichž úspěšnost je shrnuta v této bakalářské práci.