Sekvenování genu ZNF341
Abstrakt
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala problematikou genu ZNF341, který je spojený s defektem proteinu STAT3, způsobující syndrom hyperimunoglobulinémie E. Hyper IgE syndrom je multiorgánové onemocnění způsobující ekzémy, alergie, skoliózu a spoustu dalších nemocí.
V teoretické části jsem se zaměřila na gen ZNF341, jeho charakteristiku, umístění na chromozomu a onemocnění, které způsobuje jeho deficit. Následně jsem se zaměřila již na zmíněné onemocnění hyperimunoglobulinémie E. U této nemoci jsem zkoumala, v jakých formách se vyskytuje a tím, jaké jsou jeho příčiny a následky. Také jsem se v teoretické části zmínila o metodě PCR a o metodách sekvenování DNA.
V praktické části jsem zpracovala 20 anonymizovaných vzorků. U všech vzorků jsem provedla izolaci DNA, PCR, elektroforézu, přečištění produktů PCR. Následovala příprava na Sangerovo sekvenování. Vzorky jsem poslala firmě GenSeq s.r.o. k osekvenování, protože ve školní laboratoři nebyl příslušný sekvenátor.
V závěrečné části bakalářské práce jsem vyhodnocovala získané sekvence. K vyhodnocení sekvencí jsem používala program BioEdit a internetovou databázi NCBI. Také jsem dostala k dispozici několik sekvencí od dětí z Českobudějovicka a Karvinska. U těchto vzorků jsem poté porovnávala výskyt mutací genu. Z celkem vyhodnocených 40 vzorků jsem ve dvou z nich našla mutaci. Šlo o stejnou mutaci, která doposud nebyla popsána v databázi NCBI.